Министерство образования и науки Российской Федерации письмом от 31 мая 2016 г. № АП-916/18 «О направлении дополнительного соглашения» поставило образовательные организации высшего образования перед фактом существенного сокращения федеральной субсидии на стипендиальное обеспечение обучающихся в связи с решением Минфина России о блокировке лимитов бюджетных обязательств. Реализация предложенного сокращения неминуема бы привела к снижению уровня социальной защищенности студентов и сокращению реальных размеров стипендий на 10 — 15 процентов.

Студенческий координационный совет Общероссийского Профсоюза образования не согласился с позицией Минфина России и направил 06 июня 2016 г. в адрес Председателя Правительства РФ Д.А. Медведева и в адрес Председателя Государственной Думы С.Е. Нарышкина обращение с просьбой разобраться в сложившейся ситуации. Обращение было поддержано многими студенческими первичными профсоюзными организациями университетов и несколькими тысячами студентов.

08 июня 2016 г. Председателем Правительства Российской Федерации Д.А. Медведевым дано поручение № ДМ-П8-3485 о восстановлении в полном объеме расходов, предусмотренных на стипендиальное обеспечение в 2016 году. 17 июня 2016 года Минфином России разблокированы лимиты бюджетных обязательств на стипендиальное обеспечение, а Минобрнауки России осуществляет работу по восстановлению объема субсидии на финансовое обеспечение стипендиального фонда образовательным организациям.